Amu Hinamori è una ragazza della scuola elementare isolata e molto fredda con i compagni, molti dei quali la definiscono "cool and spicy" (tuttavia in senso positivo). In realtà questo non è il vero carattere di Amu, la quale è semplicemente troppo timida per riuscire a dialogare con gli altri senza sfociare in frasi poco gentili a causa dell'imbarazzo. Una sera, sentendosi stufa di questo suo carattere "falso" prega di poter diventare una ragazza più carina e sincera, e la mattina dopo trova nel suo letto tre uova colorate; si tratta di Uova del Cuore. Da queste uova nasceranno poi degli Shugo Chara (lett: Guardiani del Carattere), cioè degli esserini magici che rappresentano le diverse personalità che lei vorrebbe avere. I loro nomi sono Ran, Miki e Suu, e sono rappresentati rispettivamente dal simbolo del cuore, della picca e del fiore (ovvero quelli delle carte da gioco). Questi Shugo Chara sono in grado di cambiare la sua personalità in qualsiasi momento attraverso il Chara-Change, il che porta sempre Amu a trovarsi in situazioni imbarazzanti e difficili Amu scopre in seguito che anche degli altri ragazzi nella scuola hanno degli Shugo Chara. Si tratta dei Guardian. I Guardian spiegano ad Amu che il loro lavoro consiste nel curare le uova del cuore dei bambini che, a causa di un trauma subito, si trasformano nelle Batsu-tama (ovvero Uova X) e distruggono i sogni del loro possessore. Secondo una leggenda, inoltre, colui che avesse avuto tre Shugo Chara avrebbe ereditato il leggendario Humpty Lock, ovvero un lucchetto magico. Grazie a questo lucchetto, Amu è in grado di trasformarsi attuando il Chara-Nari, fondendosi così con i suoi Shugo Chara diventando "Amulet Heart", "Amulet Spade" e "Amulet Clubs" a seconda dello Shugo Chara con cui si unisce. Amu scopre anche che le comparse di Batsu-tama sono aumentate a dismisura a causa di un'associazione chiamata Easter (Pasqua), che per catturare l'Embrione (un uovo magico che si dice possa realizzare i desideri) attacca le uova dei bambini. Di questa società fanno parte Yuu Nikaidou, l'insegnante di Amu, Ikuto Tsukiyomi, un misterioso ragazzo con uno Shugo Chara felino che sembra essersi invaghito della protagonista e Hoshina Utau, un'idol molto famosa del momento, la quale è follemente innamorata di Ikuto e per questo vede in Amu la sua più grande rivale. Amu, con l'aiuto dei Guardian, dovrà combattere la Easter e salvare i sogni dei bambini.